可以直觀的看到粒子的形態，因此可以用于鑒定外泌體的存在和完整性，但是包括支原體、鐵蛋白聚團、聚乙二醇蛋白聚團、溶酶體等的電鏡圖片與外泌體都十分相似，并且電鏡只能展示局部景象。因此，電鏡成像無法區分外泌體及形態相近的納米粒子，且不能反映樣品中的外泌體數量。

是一種測算粒子群體直徑分布和粒子數量的計算方法，它通過光學原理感知粒子的存在，因此可以確認外泌體樣品中的“外泌體"數量和直徑的群體特征，但是無法確認檢測到的粒子是否為外泌體，不能反映粒子形態，無法將外泌體和其他納米粒子區分開。因此NTA不能確認外泌體的真實存在和外泌體的完整性。

可以鑒定外泌體中存在的特定蛋白，WB檢測外泌體標志蛋白可以說明外泌體成分的存在。但是目前的這些標志物蛋白只是會在外泌體里富集，而并不是外泌體所有的，諸如CD63、ALIX等在細胞中都有，在一些細胞碎片、溶酶體、胞內體中也大量存在。因此，WB僅能證實外泌體成分的存在，無法確認外泌體的數量和完整性。